Thesis defense - Anastasia Rusakovich Long-read sequencing to investigate the role of circular RNA in melanoma treatment resistance and to identify new biomarkers
Woensdag 25 november, 14u00
Under the supervision of Yuna BLUM Thomas DERRIEN Marie-Dominique GALIBERT
Circular RNAs (circRNAs) are covalently closed non-coding RNAs with exceptional stability and emerging roles in cancer, making them attractive biomarker and therapeutic candidates. Their full characterisation at the isoform level remains limited by short-read sequencing. Long-read sequencing can span full-length circRNA sequences in a single read, but reliability of this approach depends on the computational tools used for detection and isoform reconstruction. While dedicated tools exist , none has been independently benchmarked on the same dataset against a known ground truth to evaluate its performance.addresses these gaps through three steps . First, we developed an in silico circRNA simulation framework to generate a data-driven, less database-dependent ground truth. Second, we conducted the first independent benchmarking study of these tools , defined standardised metrics, and released an accessible Nextflow pipeline with containerised tools for community use. Third, we applied this framework to cutaneous melanoma to profile circRNA isoform diversity in therapy-sensitive versus BRAF inhibitor-resistant cells, with the aim of identifying candidate biomarkers and therapeutic targets .
Composition of the jury
Christine GASPIN,
Thomas FARAUT,
Camille MARCHET,
Frédéric CHALMEL,
Cédric COULOUARN,
Yuna BLUM
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Biology, Health
Soutenance de thèse - Anastasia Rusakovich Séquençage à longues lectures pour étudier le rôle des ARN circulaires dans la résistance au traitement du mélanome et identifier de nouveaux biomarqueurs
Woensdag 25 november, 14u00
Sous la direction de Yuna BLUM Thomas DERRIEN Marie-Dominique GALIBERT
Les ARN circulaires (ARNc) sont des ARN non codants fermés de manière covalente, dotés d’une stabilité exceptionnelle et de rôles émergents dans le cancer, ce qui en fait des candidats prometteurs comme biomarqueurs et cibles thérapeutiques. Leur caractérisation complète au niveau des isoformes reste limitée par le séquençage à courtes lectures. Le séquençage à longues lectures permet de couvrir l’intégralité des séquences d’ARNc en une seule lecture, mais la fiabilité de cette approche dépend des outils informatiques utilisés pour leur détection et la reconstruction des isoformes. Bien que des outils dédiés existent, aucun n’a encore fait l’objet d’une évaluation comparative indépendante sur un même jeu de données, en comparaison avec une vérité terrain connue, pour en mesurer les performances.
Composition du jury
Christine GASPIN, Thomas FARAUT, Camille MARCHET, Frédéric CHALMEL, Cédric COULOUARN, Yuna BLUM
Biologie, Santé
