L'hôpital trouve son origine dans la fusion de l'hôpital Sainte-Marie de la Daurade et de l'hôpital Novel aux XIIe et XIIIe siècles, réunis sous le nom d'Hôpital Saint-Jacques du bout-du-Pont au XIVe siècle. Sa vocation première était d'accueillir les pauvres, les malades et les pèlerins qui traversaient les Pyrénées pour se rendre à Saint-Jacques de Compostelle.
Après des siècles consacrés aux soins, les derniers services d'hospitalisation ont été transférés vers d'autres établissements de la ville en 1987. En inscrivant les Chemins de Saint-Jacques de Compostelle au Patrimoine Mondial en 1998, l'UNESCO a choisi l'Hôtel-Dieu Saint-Jacques pour illustrer l'étendue, la diversité et la vitalité de cet héritage.
En compagnie de son voisin, l'hôpital Saint-Joseph de La Grave, il représente un véritable lieu de mémoire de l'hôpital public et l'un des patrimoines historiques les plus prestigieux de Toulouse.
Le public a la possibilité de visiter, en visite libre ou guidée, les grandes salles patrimoniales de l'hôpital, telles que la salle des Pèlerins, la salle des Colonnes, la salle Gaspard de Maniban, la chapelle et le bloc opératoire des années 1960.
NOUVEAUTÉ 2023 : Ouverture de la pile de l'ancien pont couvert de la Daurade, nouvellement restaurée, offrant une véritable terrasse dominant la Garonne !