Auxonne est une ville de passage et d'échanges, carrefour entre les voies fluviales et terrestres.

Après avoir assiégé la ville en 1479 puis annexé les États Bourguignons, le roi de France Louis XI fait construire à Auxonne une véritable forteresse. En raison de sa position stratégique, la ville devient ainsi une ville frontière.

Louis XI fait également construire deux autres châteaux en Bourgogne, à Beaune et à Dijon. Ces trois châteaux sont dénommés les « trois sœurs" du duché de Bourgogne.

Le château a fait l’objet de plusieurs transformations mais la physionomie générale des ouvrages a été conservée. Sur les trois châteaux royaux de Bourgogne, seul le château d’Auxonne a été conservé.