La scoperta dei giardini si organizza attorno a tre temi principali: la botanica e più specificamente l'etnobotanica, cioè le piante utilizzate al Ban de la Roche nel XVIII secolo (piante medicinali, aromatiche, culinarie, tintorie, ....). La presentazione di questo giardino si ispira alle scatole dello studio di curiosità di J.F. Oberlin. La pedagogia e l'insegnamento ai bambini in relazione alla scoperta del mondo vegetale, sono associati alla creazione di un orto pedagogico, vera estensione della Casa dei Bambini. La cartografia e l'osservazione degli elementi sono proposte nel giardino ricreativo del Pasteur. Il tema dell'osservazione dei pianeti e della diffusione della conoscenza attraverso la cartografia è sviluppato attraverso calchi di oggetti esistenti nelle collezioni del museo. Un frutteto e un prato completano questi tre giardini.