Il museo di Nantes è costituito da un importante patrimonio scientifico, collocandolo tra i primi in Francia, in numero di esemplari. Galleria zoologica: Più di mille esemplari di animali vertebrati sono stati selezionati, studiati, restaurati e organizzati secondo un percorso che propone ai visitatori una moderna classificazione del mondo animale, sostenuta dai principi dell'evoluzione, gli unici in grado di spiegare la complessità del mondo vivente. Galleria delle Scienze della Terra e dell'Universo: Costituite dal XIX secolo, le collezioni delle Scienze della Terra e dell'Universo raggruppano minerali, rocce e fossili. La collezione di meteoriti, una delle più ricche di Francia, illustra la nostra conoscenza dell'Universo. Vivarium: Una ventina di specie viventi regionali, nazionali ed esotiche illustrano la diversità di questo gruppo spesso poco amato. Malacologia: La presentazione dei 5.000 gusci di gasteropodi (molluschi a guscio unico, per lo più a spirale) esposti nel mezzanino del Museo, risale agli anni '20. Collezioni botaniche: Salendo la scala che conduce al primo piano, il visitatore scopre una bella collezione di tavolette di legno a taglio longitudinale esposte in pannelli lungo le pareti, dal vestibolo fino al pianerottolo del primo piano.