Per tutti coloro che sono alla ricerca di collezioni originali, la Farmacia dell'Hôtel-Dieu-le-Comte costituisce una tappa privilegiata. Indira Veerapa, direttrice delle opere e responsabile delle collezioni dell'Apothicairerie vi presenta una delle più belle farmacie di Francia nel suo scrigno originale.
Può essere conservato come si presentava al momento della sua installazione all'inizio del XVIII secolo. Questa grande stanza quasi quadrata, di circa 8 metri di lato e di quasi 5 metri di altezza, ha le sue quattro pareti interamente ricoperte da dieci piani di scaffalature dove sono disposte scatole e maioliche medicinali.
La sala e le collezioni che ospita sono state oggetto di una triplice classificazione da parte dei Monumenti Storici: nel 1958 per le scatole medicinali in legno dipinto, nel 1964 per la sala e le sue boiserie e nel 1984 per la collezione di maioliche antiche. Un giardino nel cortile d'onore (accesso da rue de la Cité) presenta piante medicinali. Da dicembre 2022, l'accesso alla farmacia avviene attraverso la Cité du Vitrail all'interno dell'antico Hôtel-Dieu (accesso da rue Roger Salengro)