Antico priorato benedettino dell'XI secolo, la chiesa di San Giacomo dipende dall'abbazia di Saint Jouin de Marnes.
Costruita sotto il nome di San Giacomo Il Maggiore, questa chiesa è regolarmente frequentata dai pellegrini di Santiago di Compostela chiamati Jacquets.
Questo pellegrinaggio prende slancio dall'XI secolo con la riconquista della Penisola Iberica da parte dei cristiani sui musulmani.
Clisson si trova già da allora sull'itinerario Nantes-Parthenay e la chiesa di San Giacomo è una staffetta per i pellegrini.
La chiesa romanica di San Giacomo risale alla fine del XII secolo.
Attualmente presenta solo la sua navata; la sua abside, transetto e campanile sono stati distrutti nel XIX secolo.
• L'edificio è oggi un edificio approssimativamente rettangolare orientato da ovest a est. È sostenuto da cinque contrafforti ghiacciati.
• La facciata che guarda ovest è forata da una porta ad arco spezzato, inscritta arretramento in un arco di maggiore portata, e sopra, da una stretta finestra scheggiata.
• L'estremità della navata presenta una grande apertura ad arco spezzato, ora murata, antico arco trionfale che dava accesso al quadrato del transetto.
Originariamente, questa chiesa romanica, circondata da un cimitero, era abbastanza grande e consisteva in una navata, due bracci di transetto, il tutto coperto da semplici pannelli, un'abside a volta e un campanile cubico coperto di tegole e contenente tre campane.
• L'edificio conteneva due cappelle, una su ciascun lato dell'arco trionfale; la sacrestia era dietro il comodino.
• La carpenteria, piuttosto curiosa, porta oggi alcuni grossolani ornamenti e si fa notare da entrate che sembrano uscire dalle fauci di coccodrilli, scolpite a ciascuna delle loro estremità. Su uno degli stipiti è scavata nel legno la data del 1583, anno in cui è stata posata la carpenteria, in sostituzione di una più antica.
• Nella navata si trovava l'altare della Confraternita degli Agonizzanti. La sua pala d'altare era ornata da un quadro raffigurante un malato sdraiato sul suo letto, sua moglie, un diavolo (con il forcone), tenuto in rispetto da San Michele (armato di una lancia) e da un sacerdote. Bisognava dare un ecu per entrare nella confraternita degli Agonizzanti.
 Al momento dell'agonia di un confratello, la campana suonava a San Giacomo: ognuno lasciava subito il lavoro e si metteva in preghiera per il sofferente. Quando un confratello era morto, uno dei suoi compagni, vestito di una dalmatica nera ornata di teste e ossa di morte che agitavano due campanelli, andava in tutti gli incroci, annunciando ad alta voce la morte e l'ora della sepoltura del defunto.
 La chiesa di San Giacomo divenne parrocchiale nel XV secolo. La parrocchia di San Giacomo non era molto grande e si fermava alla porta principale della città chiusa di Clisson (porta San Giacomo).
Il 29 maggio 1789, il terzo stato delle parrocchie di Notre Dame, la Trinità, St Jacques e St Gilles si riunirono nella chiesa di St Jacques per redigere il loro quaderno di lamentele.
 Durante il periodo rivoluzionario, questa chiesa non fu incendiata. Nel 1792 fu trasformata in un tempio decadente, dove si proclamavano leggi e si celebravano matrimoni. Le statue dei santi furono sostituite da due dee dipinte su tavole di legno, una con una bilancia e l'altra con il libro della legge.
Abbandonata alla fine del XVIII secolo, la cappella è stata a lungo utilizzata come deposito per stracciai.
Nell'Ottocento subì alcune distruzioni (abside e transetto)
È iscritta all'Inventario dei Monumenti Storici dal 1941