La collezione di belle arti presenta sculture del XIX secolo create dagli artisti Antoine Etex, François-Rupert Carabin, Max Claudet, o ancora Jean-Joseph Perraud, artista di origine giurassiana, lasciò in eredità al museo il fondo del suo atelier e la sua collezione di opere d'arte.
Il fondo pittorico è ricco di numerosi capolavori rappresentativi delle scuole nordica, italiana e francese (Pieter Breughel le Jeune, Adriaen Van de Venne, Adam Colonia). La scuola italiana dei secoli XVII e XVIII è rappresentata da opere di Pietro della Vecchia, Antonio Triva e Pietro Negri.
La scuola francese è rappresentata da dipinti del XVIII secolo (Nicolas Bernard Lépicié, Charles Meynier...), così come da artisti del XIX secolo tra cui Gustave Courbet con cinque dipinti tra cui Le Chasseur tedesco e La grotte sarrazine.
Una parte della collezione etnografica extraeuropea è inoltre visibile all'interno del percorso, così come un oggetto o insieme di oggetti archeologici o di storia naturale secondo il programma degli Appuntamenti ai musei!