External seminar - Charlotte Proudhon, IRSET
Invited by Grégoire Michaux, Charlotte Proudhon will present her research into the development of a non-invasive cancer screening test based on blood samples.
Venerdì 13 giugno, 11:00Passato
Non-invasive multi-cancer detection using DNA hypomethylation of LINE-1 retrotransposons
The detection of circulating tumor DNA (ctDNA), which allows noninvasive tumor molecular profiling and disease follow-up, promises optimal and individualized management of patients with cancer. However, detecting small fractions of tumor DNA released when the tumor burden is reduced remains a challenge.
We implemented a new highly sensitive strategy to detect base-pair resolution methylation patterns from plasma DNA and assessed the potential of hypomethylation of long interspersed nuclear element-1 (LINE-1)retrotransposons as a non-invasive multicancer detection biomarker. The DIAMOND (Detection of Long Interspersed Nuclear Element Altered Methylation ON plasma DNA) method targets 30 to 40,000 young LINE-1 retrotransposons scattered throughout the genome, covering about 100,000 CpG sites and is based on a reference-free analysis pipeline. Resulting machine learning–based classifiers showed powerful correct classification rates discriminating healthy and tumor plasmas from six types of cancers (colorectal, breast, lung, ovarian, and gastric cancers and uveal melanoma, including localized stages) in two independent cohorts (AUC= 88%–100%, N = 747). The DIAMOND method can also be used to perform copy number alteration analysis that improves cancer detection.
This should lead to the development of more efficient noninvasive diagnostic tests adapted to all patients with cancer, based on the universality of these factors.
Charlotte Proudhon is a geneticist and heads a team at Inserm.
Contact: Grégoire Michaux
Biology, Health e Cancer
Séminaire externe – Charlotte Proudhon, IRSET
Invitée par Grégoire Michaux, Charlotte Proudhon présentera ses recherches sur le développement d'un test de dépistage du cancer non invasif à partir d'échantillons de sang.
Venerdì 13 giugno, 11:00Passato
Détection non invasive de cancers multiples grâce à l'hypométhylation de l'ADN des rétrotransposons LINE-1
La détection de l'ADN tumoral circulant (ADNc), qui permet d'établir de manière non invasive le profil moléculaire des tumeurs et d'assurer le suivi de la maladie, promet une prise en charge optimale et individualisée des patients atteints d'un cancer. Cependant, la détection de petites fragments d'ADN tumoral libérés lorsque la charge tumorale est réduite reste un défi.
Nous avons mis en œuvre une nouvelle stratégie particulièrement sensible pour détecter les schémas de méthylation à la résolution de la paire de bases à partir de l'ADN plasmatique et évalué le potentiel de l'hypométhylation des rétrotransposons de l'élément nucléaire intercalé long-1 (LINE-1) en tant que biomarqueur non invasif pour la détection des cancers multiples. La méthode DIAMOND (Detection of Long Interspersed Nuclear Element Altered Methylation ON plasma DNA) cible 30 à 40 000 jeunes rétrotransposons LINE-1 disséminés dans le génome, couvrant environ 100 000 sites CpG, et repose sur un pipeline d'analyse sans référence. Les classificateurs basés sur l'apprentissage automatique ont montré d'excellents taux de classification corrects, discriminant les plasmas sains et tumoraux de six types de cancers (cancers colorectal, du sein, du poumon, de l'ovaire et gastrique et mélanome uvéal, y compris les stades localisés) dans deux cohortes indépendantes (AUC= 88%-100%, N = 747). La méthode DIAMOND peut également être utilisée pour effectuer une analyse des altérations du nombre de copies qui améliore la détection du cancer.
Ces résultats devraient permettre de développer des tests diagnostiques non invasifs plus performants et adaptés à tous les patients atteints de cancer, en se basant sur l'universalité de ces facteurs.
Charlotte Proudhon est généticienne et dirige une équipe à l'Inserm.
Contact : Grégoire Michaux
Biologie, Santé e Cancer
