La découverte des jardins s’organise autour de trois thèmes majeurs :
La botanique et plus spécifiquement l’ethnobotanique, c’est-à-dire les plantes utilisées au Ban de la Roche au XVIIIème siècle (plantes médicinales, aromatiques, culinaires, tinctoriales, ….). Le mode de présentation de ce jardin s’inspire des boîtes du cabinet de curiosité de J.F. Oberlin.
La pédagogie et l’enseignement aux enfants en relation avec la découverte du monde végétal, sont associés à la création d’un potager pédagogique, véritable extension de la Maison des Enfants.
La cartographie et l’observation des éléments sont proposées dans le jardin d’agrément du Pasteur. Le thème de l’observation des planètes et de la diffusion des connaissances par la cartographie est développé par l’intermédiaire de moulages d’objets existant dans les collections du musée.
Un verger et une prairie complètent ces trois jardins.