Au XIIe siècle, l'archevêque de Sens, Guy de Noyers, fonde la collégiale Saint-Pierre à Saint-Julien-du-Sault. Le chapitre de onze chanoines, qui y est attaché, a, entre autres, la charge des offices à la chapelle Saint-Julien du château Vauguillain. L'église de la collégiale n'a laissé aucune trace. Aux alentours de 1240, elle est remplacée par une église gothique qui ne sera jamais terminée. Seuls seront érigés le chœur, les contreforts et les portails latéraux. L'église fut incendiée et en partie détruite vers le milieu du XIVe siècle. La restauration commença à la fin du XVe, sous l'impulsion de l'archevêque de Sens, Tristan de Salazar (1475-1519). Le cardinal Louis de Bourbon, archevêque de Sens de 1535 à 1557 se chargea de son achèvement par la reconstruction totale du chœur. Il essaya aussi de faire installer des tribunes.
La nef, de la responsabilité de la paroisse, resta inachevée. On le voit dans les beaux piliers fasciculés, prévus pour supporter la voûte en pierre, qui n'aboutissent pas (photo ci-dessous). La voûte restera en bois. À l'ouest, la nef est fermée par une clôture de planches jusqu'en 1735. Conséquence : l'église Saint-Pierre ne possède aucune unité architecturale. Elle est néanmoins inscrite dès 1840 à l'inventaire des Monuments historiques pour ses vitraux des XIIIe et XVIe siècles qui constituent sa véritable richesse et son intérêt artistique.