Les collections du musée rassemblent pour l’essentiel des découvertes réalisées dans le bassin clermontois et, plus largement, le département du Puy-de-Dôme. Leur présentation permet d’esquisser l’histoire des sociétés qui se sont succédées en Basse-Auvergne à partir des éléments de culture matérielle mis au jour lors des fouilles archéologiques.
Le parcours d’exposition est organisé de manière chronologique. Il aborde la préhistoire (Paléolithique, Néolithique), la protohistoire (âge du Bronze, âge du Fer) et l’Antiquité gallo-romaine. Pour chaque période, des focus mettent en lumière les sites emblématiques du territoire. Certaines thématiques, essentielles à la compréhension des différentes cultures (croyances, rites funéraires, techniques...) jalonnent également le parcours.