Thesis defense - Dimple Adiwal
Study of genetic alterations associated with longevity in dogs, using the Genome Wide Association Studies (GWAS) and long-read sequencing
Vendredi 11 décembre, 14h00
Under the supervision of Catherine André, Benoît Hédan and Thomas Derrien
Dogs share our environment and develop many of the same age-related diseases. Their lifespan also differs markedly between breeds, making them a powerful model for the genetics of ageing. This thesis investigated the genetic basis of canine longevity using two complementary approaches, both based on dogs from the Cani-DNA biobank. In the first part, an individual-level genome-wide association study of age at death was carried out in 540 dogs from 27 breeds, using low-pass whole-genome sequencing and genotype imputation with a linear mixed model. Loci associated with age at death were identified, and three of the four loci that could be tested were replicated in an independent cohort of Golden Retrievers. Because low-pass sequencing cannot capture most structural variants, the second part used long-read assemblies to catalogue polymorphic SINE and LINE-1 insertions. In 46 dogs of 104 dogs, 133,317 such polymorphisms were identified, and a recent LINE-1 insertion was found in strong linkage disequilibrium with one of the associated loci. Together, these results identify candidate regions for canine longevity and show that a substantial part of the dog’s genetic variation, invisible to short-read approaches, can now be studied.
Composition of the jury
- Laurent Tiret, PU, DVM, HDR, IMRB, Créteil, France | Rapporteur
- Jean-Jacques Schott, DR, HDR, Institut du Thorax, Nantes, France | Rapporteur
- Claire Dandine-Roulland, IR, CNRGH, Évry, France | Examiner
- Jean-François Deleuze, DR, CNRGH/CEPH, Évry, France | Examiner
- Catherine André, DR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Thesis director
- Benoît Hédan, IR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Co-supervisor
- Thomas Derrien, CR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Co-supervisor
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Biology, Health
Soutenance de thèse - Dimple Adiwal
Étude des altérations génétiques associées à la longévité chez le chien grâce aux études d’associations pangénomique (GWAS) et au séquençage à longue lecture
Vendredi 11 décembre, 14h00
Sous la direction de Catherine André, Benoît Hédan et Thomas Derrien
Le chien partage notre environnement et développe nombre des mêmes maladies liées à l’âge. Son espérance de vie varie en outre fortement selon les races, ce qui en fait un modèle de choix pour étudier la génétique du vieillissement. Cette thèse a exploré les bases génétiques de la longévité canine par deux approches complémentaires, toutes deux fondées sur des chiens de la biobanque Cani-DNA.
Dans une première partie, une étude d’association pangénomique de l’âge au décès a été menée chez 540 chiens de 27 races, à partir de séquençage du génome entier à faible couverture et d’imputation des génotypes, avec un modèle linéaire mixte. Des loci associés à l’âge au décès ont été identifiés, et trois des quatre loci testables ont été répliqués dans une cohorte indépendante de Golden Retrievers. Le séquençage à faible couverture ne permettant pas de détecter la plupart des variants de structure, la seconde partie a utilisé des assemblages de génomes en lectures longues pour cataloguer les insertions polymorphes de SINE et de LINE-1. Chez 46 chiens, 133 317 polymorphismes de ce type ont été identifiés, et une insertion récente de LINE-1 a été trouvée en fort déséquilibre de liaison avec l’un des loci associés.
Ces résultats identifient des régions candidates pour la longévité canine et montrent qu’une part importante de la variation génétique du chien, invisible aux approches par lectures courtes, peut désormais être étudiée.
Composition du jury
- Laurent Tiret, PU, DVM, HDR, IMRB, Créteil, France | Rapporteur
- Jean-Jacques Schott, DR, HDR, Institut du Thorax, Nantes, France | Rapporteur
- Claire Dandine-Roulland, IR, CNRGH, Évry, France | Examinatrice
- Jean-François Deleuze, DR, CNRGH/CEPH, Évry, France | Examinateur
- Catherine André, DR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Directrice de thèse
- Benoît Hédan, IR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Co-encadrant
- Thomas Derrien, CR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Co-encadrant
Biologie, Santé
