A la suite du procès inique que le roi Philippe le Bel fit aux templiers de 1307 à 1314, la Commanderie est rattachée en 1311 à l'ordre des Hospitaliers qui avaient une commanderie à Pontaubert.

Lors des guerres de religion, les protestants brisèrent les vitraux et incendièrent le toit en 1569. La toiture fut restaurée dès cette époque, sans le campanile, et les baies furent murées.

A partir de la Révolution, la chapelle commença à servir d'étable, de grenier à foin et de logement. Plusieurs appentis s'y appuyaient. On ne sait rien concernant la disparition progressive des bâtiments.

La Chapelle est inscrite en 1926 à l'Inventaire Supplémentaire des Monuments Historiques. Elle est classée aux Monuments Historiques en totalité en 1960.

En 1971 Nicole et Georges Guette découvrent la Chapelle. Ils en font l'acquisition et entreprennent sa restauration et son aménagement avec l'agrément et sous la direction des Monuments Historiques.

À noter : Remise d'un petit dossier à l'issue de la visite.
Accès par la route D 957 entre Avallon et Vézelay, puis chemin privé de 1km.