À partir du XVème siècle, l’importance du monastère est d'une grande importance, à tel point que des personnalités locales se feront inhumer dans les chapelles latérales privées de l’église des Cordeliers.

Au XVIIème siècle, le grand réfectoire du couvent, bâti au XVème siècle, abrite le faste de la réunion des États de Bourgogne et ce pendant plusieurs décennies, jusqu’à la construction de la salle des Etats dans le Palais des ducs de Bourgogne.

Au début du XVIIIème siècle, les galeries du cloître sont reconstruites, restées intactes, on les admire encore aujourd’hui. À cette époque, les Cordeliers possèdent également des greniers à sel et de grands jardins à la Française.