La collection beaux-arts présente des sculptures du XIXe siècle créées par les artistes Antoine Etex, François-Rupert Carabin, Max Claudet, ou encore Jean-Joseph Perraud, artiste d’origine jurassienne qui légua au musée le fonds de son atelier ainsi que sa propre collection d’œuvres d’art.

Le fonds de peintures est riche de nombreux chefs-d’œuvre représentatifs des écoles nordique, italienne et française (Pieter Breughel le Jeune, Adriaen Van de Venne, Adam Colonia). L’école italienne des XVIIe et XVIIIe siècles est présente par des œuvres de Pietro della Vecchia, Antonio Triva ou encore Pietro Negri.

L’école française est représentée par des tableaux du XVIIIe siècle (Nicolas Bernard Lépicié, Charles Meynier...), ainsi que par des artistes du XIXe siècle dont Gustave Courbet avec cinq tableaux parmi lesquels Le Chasseur allemand et La grotte sarrazine.

Une partie de la collection ethnographique extra-européenne est par ailleurs visible au sein du parcours, tout comme un objet ou ensemble d’objets archéologiques ou d’histoire naturelle selon le programme des Rendez vous aux musées !