La chapelle de l'INJS a été construite entre 1956 et 1958 afin de permettre aux sœurs de la congrégation de Nevers de célébrer des offices religieux pour les 215 jeunes sourdes qui étaient accompagnées sur le site à cette époque. Elle a été nommée chapelle Saint-Jacques, rappelant ainsi que depuis des siècles, les pèlerins de Saint-Jacques de Compostelle passent à proximité.

La chapelle ainsi que tous les bâtiments créés à l'époque pour accueillir l'institution ont été conçus par l'architecte Pierre Mathieu (1911-1997). Après la Libération, il était nécessaire de faire face à l'urgence et de lancer une expansion considérable. Pierre Mathieu est notamment à l'origine du premier bâtiment du campus de Pau, de la Faculté des Sciences, des bâtiments de la Faculté de droit et de sciences économiques à Pessac, des tours A et B, ainsi que de l'Horizon 1 de la cité administrative à Bordeaux.

Les vitraux ont été conçus par l'artiste bordelais Edmond Boissonnet. Né en 1905, Boissonnet a répondu à de nombreuses commandes en Aquitaine tout au long de sa carrière prolifique (1906-1995), réalisant des vitraux, des peintures murales et des mosaïques monumentales. Les vitraux de la chapelle ont été réalisés par le maître verrier Jacques Dupuy, d'après les dessins de Boissonnet.

Sur le côté droit du chœur, on peut admirer quatre verrières étroites et verticales, s'étendant sur une dizaine de mètres du sol au plafond. Ces verrières sont encadrées par des montants en béton et sont composées de 16 panneaux rectangulaires sertis dans le plomb. Alors que les deux éléments extérieurs à droite et à gauche se répondent en sens inverse, les deux éléments centraux s'élèvent selon un graphisme distinct. Les couleurs utilisées dans la partie inférieure du vitrail mettent en évidence les noirs et les rouges infernaux, tandis que dans la partie supérieure, les bleus séraphiques s'épanouissent. L'artiste crée ainsi l'impression d'une élévation spirituelle grâce à l'agencement des verres colorés.

Le long de ce mur de verre, à une hauteur élevée, court une frise de 22 vitraux, chacun reprenant les dimensions de deux panneaux rectangulaires. Ces vitraux illuminent la nef de leurs éclats mauves, verts, jaunes et rouges. De plus, sept autres vitraux situés dans les meurtrières éclairant la galerie supérieure, alternent entre des formes carrées et rectangulaires, vibrant de couleurs jaunes, bleues, violettes et ocres.

Cette chapelle est remarquable à bien des égards. Elle fait partie des derniers édifices religieux construits à la fin des années 1950. Elle présente à la fois un plan classique, conçu par l'architecte Pierre Mathieu, et des vitraux abstraits très modernes créés par Boissonnet.

Aujourd'hui, cette chapelle est labellisée « Architecture contemporaine remarquable ».