Au XVe siècle, le vaisseau sud connaît des remaniements. Enfin, au XVIIe siècle, le choeur et certaines voûtes de la nef sont reconstruits. Son autel principal, en marbre rouge, un Christ janséniste - les bras levés -, la cour baptismale, le bénitier ainsi qu’une trentaine de dalles funéraires proviennent de l’ancienne Abbaye de Port-Royal.
Sur ces pierres tombales des épitaphes sont libellés en latin.
En haut du clocher trois cloches raisonnent, toutes trois bénites en 1869, par Monseigneur Jean-Pierre MABILE, évêque de Versailles.
La première se nomme Célestine, Marthe, Honorine, Julienne. La seconde se nomme Léotine, Laure. La troisième se nomme Marie Marceline
La structure architecturale de l'église ne présente pas de caractéristiques spéciales, elle est assez typique des églises de village de la région.

Cimetière de l’église Saint-Germain-de-Paris
L’église Saint-Germain de Paris est la seule, avec celle de Voisins-le-Bretonneux, a être encore entourée de son cimetière. Pour cause de salubrité, la plupart des cimetières ont été relégués à la sortie des bourgs. En effet, au XVIIIe siècle, pour raison de salubrité, beaucoup de cimetières sont désaffectés et déplacés à la sortie des villes ou villages (les épidémies de choléra contribuent à ce changement). Sur le territoire de l'agglomération, seules les églises de Voisins-le-Bretonneux et Magny-les-Hameaux sont encore entourées de leur cimetière. Certes, il existe encore des villes ou villages avec un cimetière entourant l'église mais c'est rare.