El descubrimiento de los jardines se organiza en torno a tres temas principales: La botánica y más específicamente la etnobotánica, es decir, las plantas utilizadas en el van de la Roche en el siglo XVIII (plantas medicinales, aromáticas, culinarias, tinctoriales, ....). El modo de presentación de este jardín se inspira en las cajas del gabinete de curiosidad de J.F. Oberlin. La pedagogía y la enseñanza a los niños en relación con el descubrimiento del mundo vegetal, se asocian a la creación de un huerto pedagógico, verdadera extensión de la Casa de los Niños. La cartografía y la observación de los elementos se proponen en el jardín de recreo del Pastor. El tema de la observación de los planetas y la difusión de los conocimientos a través de la cartografía se desarrolla a través de moldes de objetos existentes en las colecciones del museo. Un huerto y una pradera completan estos tres jardines.