El museo de Nantes está constituido por un importante patrimonio científico, situándolo entre los primeros de Francia, en número de especímenes. Galería de zoología: Más de mil especímenes de animales vertebrados han sido seleccionados, estudiados, restaurados y organizados según un recorrido que propone a los visitantes una clasificación moderna del mundo animal, basada en los principios de la evolución, únicos capaces de explicar la complejidad del mundo vivo. Galería de las Ciencias de la Tierra y del Universo: Constituidas desde el siglo XIX, las colecciones de las Ciencias de la Tierra y del Universo reagrupan los minerales, rocas y fósiles. La colección de meteoritos, una de las más ricas de Francia, ilustra nuestro conocimiento del Universo. Vivarium: Una veintena de especies vivas regionales, nacionales y exóticas ilustran la diversidad de este grupo a menudo mal amado. Malacología: La presentación de las 5.000 conchas de gasterópodos (moluscos de una sola concha, generalmente en espiral) expuestos en el entresuelo del Museo, data de los años 1920. Colecciones de botánica: Al subir la escalera que conduce al primer piso, el visitante descubre una hermosa colección de tablillas de madera en sección longitudinal expuestas en paneles a lo largo de las paredes, desde el vestíbulo hasta el rellano del primer piso.