Para todos aquellos que buscan colecciones originales, el Boticario del Hôtel-Dieu-le-Comte constituye una etapa privilegiada. Es uno de los boticarios más bellos de Francia en su estuche original, del siglo XVIII. Pudo ser conservada tal como se presentaba en la época de su instalación a principios del siglo XVIII. Esta amplia habitación casi cuadrada, de unos 8 metros de lado y cerca de 5 metros de altura, tiene sus cuatro paredes completamente cubiertas con diez pisos de estanterías donde están dispuestas cajas y lozas medicinales. La sala y las colecciones que alberga han sido objeto de una triple clasificación por los Monumentos Históricos: en 1958 para las cajas medicinales de madera pintada, en 1964, para la sala y sus paneles de madera y en 1984 para la colección de lozas medicinales antiguas. Un jardín instalado en el patio de honor (acceso por la calle de la Cité) presenta plantas medicinales. Desde diciembre de 2022, el acceso al boticario se hace por la Cité du Vitrail en el antiguo Hôtel-Dieu (acceso por la calle Roger Salengro)