En 1287, Guillaume d’Apremont reconnait tenir Pin et sa prévôté en fief du comte de Bourgogne. La seigneurie passe ensuite aux Scey.
Après la mort de Charles le Téméraire en janvier 1477 sous les murailles de Nancy, les troupes de Louis XI entrent en Franche-Comté. Une bataille se déroule le 17 juin sur le pont entre Pin et Emagny. Le corps de logis est reconstruit avant la fin du XVe siècle.
À la fin du XVIIe siècle, Philippe-Eugène Chifflet, fils du grand humaniste Jean-Jacques Chifflet, achète la seigneurie de Pin à la famille du Chatelet. Il a eu pour parrain Philippe IV d’Espagne et pour marraine l’infante Isabelle.
Sa fille, Catherine Chifflet (1671-1708), épouse Christophe de Chaillot. C’est au profit de leur fils, Christophe-Ignace de Chaillot, président à mortier au parlement de Besançon, que les terres de Pin sont érigées en marquisat en 1746.
Au début du XVIIIe siècle, il fait construire simultanément un hôtel particulier à Besançon et une résidence seigneuriale à Pin.
Fin 1771, la marquise de Chaillot, née Jeanne Bonnaventure de Villersvaudey, affranchit les habitants de Pin de leur servitude.
Après la Révolution, sa petite-fille, Olympe de Chaillot (1788-1869), épouse Rodolphe de Buyer, maître de forges, l’un des plus importants industriels franc-comtois de son époque. Leur fils, Arthur, reprend les affaires de son père. En 1900, il trouve du charbon à 830 m de fond et fait creuser un puit de 1 010 m de profondeur.