La colección Bellas Artes presenta esculturas del siglo XIX creadas por los artistas Antoine Etex, François-Rupert Carabin, Max Claudet, o Jean-Joseph Perraud, artista de origen jurásico que legó al museo el fondo de su taller así como su propia colección de obras de arte.
El fondo de pinturas cuenta con numerosas obras maestras representativas de las escuelas nórdicas, italianas y francesas (Pieter Breughel el Joven, Adriaen Van de Venne, Adam Colonia). La escuela italiana de los siglos XVII y XVIII está presente con obras de Pietro della Vecchia, Antonio Triva o Pietro Negri.
La escuela francesa está representada por cuadros del siglo XVIII (Nicolas Bernard Lépicié, Charles Meynier...), así como por artistas del siglo XIX entre ellos Gustave Courbet con cinco cuadros entre los cuales El cazador alemán y La grotte sarrazine.
Una parte de la colección etnográfica extraeuropea es por otra parte visible dentro del recorrido, al igual que un objeto o conjunto de objetos arqueológicos o de historia natural según el programa de las Citas a los museos!