Thesis defense - Flore Miomandre
Development of new peptide-based antimicrobial agents targeting the trans-translation pathway in pathogenic bacteria
Friday 27 November, 09:00
Under the supervision of Reynald Gillet, François-Hugues Porée et Charlène Gadais
In light of the urgent threat posed by antibiotic resistance, this PhD project aims to develop new antibacterial peptides targeting an alternative mechanism: trans-translation. This process rescues bacterial ribosomes that have become stalled during protein synthesis and plays a crucial role in bacterial survival. Its specificity to prokaryotes makes it a particularly attractive target for the development of selective antibacterial agents. More specifically, our strategy focuses on a specific region of the SmpB protein, a key player in trans-translation. By designing peptides that mimic this region, we seek to interfere with trans-translation, thereby offering a promising alternative therapeutic strategy. This work demonstrates that a peptide derived from SmpB selectively and effectively inhibits trans-translation in vitro in E. coli. Its mechanism of action, involving competition with the native SmpB protein, has been investigated using cryo-EM. Structure–activity relationship studies subsequently guided the molecular optimisation of this initial candidate, leading to the identification of a promising antibacterial lead with optimised molecular features, including peptide length, while retaining substantial biological activity.
Composition of the jury
- Céline Landon, Senior researcher CNRS, UPR 4301, CBM (Orléans)
- Eric Ennifar, Senior researcher CNRS, UMR CNRS 9002, IBMC (Strasbourg)
- Olga Iranzo, Senior researcher CNRS, UMR CNRS 7313, iSm2 (Marseille)
- Guillaume Compain, Associate professor, UMR 5248 CBMN, IECB (Bordeaux)
- Reynald Gillet, Full professor, UMR CNRS 6290, ISCR (Rennes)
- François-Hugues Porée, Full professor, UMR CNRS 6226, ISCR (Rennes)
- Charlène Gadais, Associate professor, UMR CNRS 6226, ISCR (Rennes)
Biology, Health
Soutenance de thèse - Flore Miomandre
Développement de nouveaux peptides antimicrobiens ciblant le mécanisme de trans-traduction chez les bactéries pathogènes
Friday 27 November, 09:00
Sous la direction de Reynald Gillet, François-Hugues Porée et Charlène Gadais
Face à la menace urgente que représente la résistance aux antibiotiques, ce projet de thèse vise à développer de nouveaux peptides antibactériens ciblant un mécanisme alternatif : la trans-traduction.
Ce processus permet de rétablir le fonctionnement des ribosomes bactériens bloqués au cours de la synthèse protéique et joue un rôle crucial dans la survie des bactéries. Sa spécificité aux procaryotes en fait une cible particulièrement intéressante pour le développement d’agents antibactériens sélectifs. Plus précisément, notre stratégie se concentre sur une région spécifique de la protéine SmpB, un acteur clé de la trans-traduction. En concevant des peptides qui imitent cette région, nous cherchons à perturber la trans-traduction, offrant ainsi une stratégie thérapeutique alternative prometteuse.
Ces travaux démontrent qu’un peptide dérivé de SmpB inhibe de manière sélective et efficace la trans-traduction in vitro chez E. coli. Son mécanisme d’action, impliquant une compétition avec la protéine SmpB native, a été étudié par cryo-microscopie électronique. Des études de relation structure-activité ont ensuite guidé l’optimisation moléculaire de ce candidat initial, conduisant à l’identification d’un composé antibactérien prometteur présentant des caractéristiques moléculaires optimisées, notamment la longueur du peptide, tout en conservant une activité biologique substantielle.
Composition du jury
- Céline Landon, Directrice de recherche, CNRS UPR 4301, CBM (Orléans)
- Eric Ennifar, Directeur de recherche CNRS, UMR CNRS 9002, IBMC (Strasbourg)
- Olga Iranzo, Directrice de recherche CNRS, UMR CNRS 7313, iSm2 (Marseille)
- Guillaume Compain, Maître de conférences, UMR 5248 CBMN, IECB (Bordeaux)
- Reynald Gillet, Professeur des universités, UMR CNRS 6290, ISCR (Rennes)
- François-Hugues Porée, Professeur des universités, UMR CNRS 6226, ISCR (Rennes)
- Charlène Gadais, Maîtresse de conférences, UMR CNRS 6226, ISCR (Rennes)
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Biologie, Santé
