Thesis defense - Louis Le Nezet
Genetics basics of hip dysplasia in dogs as a model for the developmental dysplasia of the hip in humans
Monday 3 November, 14:30Passed
Cyril Gabbero
Under the supervision of Catherine André et Pascale Quignon
Over the past few decades, dogs (Canis lupus familiaris) have become a model of choice for the study of complex genetic diseases, thanks to their phenotypic diversity, the result of ancient domestication and intense artificial selection leading to the formation of more than 400 modern breeds, which are true genetic isolates.
This thesis focuses on canine hip dysplasia (CHD), a debilitating multifactorial joint development disorder homologous to developmental dysplasia of the hip (DDH) in humans. More than 700 dogs were sequenced at low coverage and then imputed in order to identify loci associated with CHD through genome-wide association studies (GWAS).
Two bioinformatics tools were developed: the R Pedixplorer library for exploring complex pedigrees and the nf-core/phaseimpute pipeline for genotype imputation.
The combination of intra- and inter-racial GWAS with functional annotations and a comparison with the literature on human DDH enabled us to identify around twenty candidate loci.
This work, carried out in partnership with the ACGAO and the VISIO Foundation, paves the way for a future genetic risk test, the development of which will be continued in an upcoming PhD project.
Composition of the jury
- Hervé Perdry, Université Paris-Saclay & Inserm (CESP U1018)
- Laurent Tiret, Institut Mondor de Recherche Biomédicale, Université Paris-Est Créteil
- Emmanuelle Génin, laboratoire Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Université de Bretagne occidentale
- Sarah Djebali, Institut de Recherche en Santé Digestive, Toulouse
- Catherine André, Institute Genetics & Development of Rennes
- Pascale Quignon, Institute Genetics & Development of Rennes
- Jean-Pierre Genevois, Professeur Honoraire chez Campus Vétérinaire de Lyon Vétagro-Sup
Biology, Health, Genetics
Soutenance de thèse - Louis Le Nezet
Recherche des bases génétiques de la Dysplasie Coxo-Fémorale chez le chien guide comme modèle de la Dysplasie Développementale de la Hanche chez l'humain.
Monday 3 November, 14:30Passed
Cyril Gabbero
Sous la direction de Catherine André et Pascale Quignon
Au cours des dernières décennies, le chien (Canis lupus familiaris) est devenu un modèle de choix pour l'étude des maladies génétiques complexes, grâce à sa diversité phénotypique, fruit d'une domestication ancienne et d'une sélection artificielle intense conduisant à la formation de plus de 400 races modernes, véritables isolats génétiques.
Cette thèse porte sur la dysplasie coxo-fémorale (DCF), une affection multifactorielle débilitante du développement articulaire et homologue à la dysplasie développementale de la hanche (DDH) chez l'humain. Plus de 700 chiens ont été séquencés à faible couverture puis imputés afin d'identifier, par analyse d'association pangénomique (GWAS), des loci associés à la DCF.
Deux outils bio-informatiques ont été développés : la librairie R Pedixplorer pour le traitement des pedigrees complexes et le pipeline nf-core/phaseimpute consacré à l'imputation de génotypes.
La combinaison de GWAS intra- et inter-races avec des annotations fonctionnelles et une comparaison à la littérature sur la DDH humaine nous a permis de mettre en évidence une vingtaine de loci candidats.
Ce travail, mené en partenariat avec l'ACGAO et la Fondation VISIO, ouvre la voie au à un futur test génétique de risque dont le développement se poursuivra dans une thèse ultérieure.
Composition du jury
Rapporteurs : Hervé Perdry, Université Paris-Saclay & Inserm (CESP U1018) et Laurent Tiret, Institut Mondor de Recherche Biomédicale, Université Paris-Est Créteil
Examinateurs : Emmanuelle Génin, laboratoire Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Université de Bretagne occidentale et Sarah Djebali, Institut de Recherche en Santé Digestive, Toulouse
Directrice et co-directrice de thèse : Catherine André et Pascale Quignon, Institut de Génétique et Développement de Rennes
Invité : Jean-Pierre Genevois, Professeur Honoraire chez Campus Vétérinaire de Lyon Vétagro-Sup
Biologie, Santé, Génétique
