Thesis defense - Piotr Krezel
Deciphering the Bdf1 interactome in yeast vegetative cells and spores
Vendredi 19 décembre, 09h30
IGDR - Cyril Gabbero
Under the supervision of Gwenaël Rabut
In response to nutrient deprivation, yeast cells undergo sporulation. This process leads to a radical reorganization of the chromatin, resulting in an ultra-compact and transcriptionally quiescent state. Despite this, spores can rapidly germinate and revive their vegetative state, when provided with fermentable carbon sources. The molecular mechanisms behind both the high degree of chromatin compaction in spores and the rapid germination are not yet fully understood.
It has been observed that spore chromatin is hyperacetylated on histone H4 (H4ac). This observation contrasts with the known role of H4ac, which is typically associated with open and actively transcribed chromatin. It has also been observed that spores express high levels of Bdf1. This protein has two bromodomains that specifically interact with H4ac and play a key role in the sporulation process. Yet, the functions of Bdf1 in spores, its action on chromatin organisation and the activation of transcription during germination remain unknown. We hypothesize that uncovering specific partners of Bdf1 in spores would help understanding whether and how it contributes to chromatin compaction and spore quiescence, and how it prepares for genome activation during germination.
To address these questions, we established a high-throughput sporulation protocol in order to perform a systematic investigation of the Bdf1 interactome in spores using NanoBiT, a highly sensitive live-cell protein-protein interaction assay based on the NanoLuc luciferase. This thesis presents the identification of Bdf1 interaction partners across different cell states.
Composition of the jury
1. Céline Fabret, Institut de Biologie Intégrative de la cellule, Paris
2. Valérie Garcia, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille
3. Delphine Pflieger, Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble
4. Dimitris Liakopoulos, Centre de recherche en Biologie cellulaire de Montpellier
5. Michael Primig, Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail, Rennes
6. Gwenaël Rabut, Institut de Génétique et Développement de Rennes
Biology, Health
Soutenance de thèse - Piotr Krezel
Cartographie de l’interactome de Bdf1 dans les cellules végétatives et les spores de levure
Vendredi 19 décembre, 09h30
IGDR - Cyril Gabbero
Sous la direction de Gwenaël Rabut
En réponse à une privation en nutriments, les cellules de levure entrent en sporulation. Ce processus conduit à une réorganisation profonde de la chromatine, aboutissant à un état ultra-compact et transcriptionnellement quiescent. Malgré cela, les spores peuvent germer rapidement et retrouver leur état végétatif lorsqu'elles disposent de sources de carbone fermentable. Les mécanismes moléculaires à l'origine du degré élevé de compaction de la chromatine dans les spores et de la germination rapide ne sont pas encore compris.
Il a été observé que la chromatine des spores est hyperacétylée sur l'histone H4 (H4ac). Cette observation contraste avec le rôle connu de H4ac qui est généralement associée à une chromatine ouverte et transcriptionnellement active. Il a également été montré que les spores présentent des niveaux élevés de Bdf1. Cette protéine possède deux bromodomaines qui interagissent spécifiquement avec H4ac et jouent un rôle clé dans le processus de sporulation. Cependant, les fonctions de Bdf1 dans les spores ne sont pas décrites. Nous émettons l'hypothèse que l'identification des partenaires d’interaction de Bdf1 dans les spores pourrait permettre de comprendre le rôle possible de Bdf1 dans la compaction de la chromatine des spores, ou dans l’activation du génome lors de la germination.
Pour répondre à ces questions, nous avons mis en place un protocole de sporulation haut-débit afin de mener une étude systématique de l'interactome de Bdf1 dans les spores à l'aide de NanoBiT, un test d'interaction protéine-protéine sur cellules vivantes. Cette thèse présente l’identification des partenaires d'interaction de Bdf1 dans différents états cellulaires.
Composition du jury
1. Céline Fabret, Institut de Biologie Intégrative de la cellule, Paris
2. Valérie Garcia, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille
3. Delphine Pflieger, Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble
4. Dimitris Liakopoulos, Centre de recherche en Biologie cellulaire de Montpellier
5. Michael Primig, Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail, Rennes
6. Gwenaël Rabut, Institut de Génétique et Développement de Rennes
Biologie, Santé
